計畫管理
計畫執行
1.計畫執行期間，農業部得派員實地查訪、績效考評或查核帳目，以確保計畫依核定內容執行。農業部得依前項查訪、考評或查核結果或執行進度進行審議，要求執行單位限期改善、調整工作項目或經費、准予或減價結案、廢止補助及終止或解除契約，並追回已撥付部分或全部之補助款，另得核減執行單位管理費或次年度之經費。
2.執行單位應依所核定之計畫內容執行，如於執行過程發生計畫內容變更或其他重大變更，應於計畫變更函註明理由與變更項目，函送農業部審議同意後，方可進行計畫變更。如農業部不同意變更且造成計畫執行困難，農業部得終止計畫。重大變更係指影響計畫結案之工作項目、規格、指標、成果等變更事由，包含：
- (1)執行/合作單位。
- (2)計畫主持人。
- (3)工作項目。
- (4)預定進度。
- (5)計畫規格。
- (6)關鍵績效指標或評核標準。
- (7)計畫執行期間。
績效評估
為持續追蹤農業學法科專計畫研發成果之產出及影響，各計畫執行單位應於計畫結束5年內配合計畫執行成效，提供成果運用、發表、展示等相關資料，並配合農業部或農業部委託之農業科專服務小組進行績效評估作業，以考核其對提升我國農業之整體效益，農業部得視需要進行訪談、填寫績效追蹤自評表及召開績效考評會議。不予配合之執行單位，農業部得不予受理該執行單位未來農業學法科專之申請，或核減該計畫主持人以後年度申請之計畫經費。
計畫績效考評作業程序
考評作業分四階段進行，分別為績效預估、自評、考評及總評階段：
1.績效預估階段(計畫申請時)
計畫申請機構應預估與填寫農業學法科專計畫績效追蹤自評表，並於計畫申請時檢附。
2.自評階段(每年1月至2月)
計畫全程結案之計畫執行機構，依績效自評表格與簡報內容格式，填報績效自評表與完成考評簡報，進入考評階段。
3.考評階段(每年3月至5月)
- (1)召開績效考評會議：績效考評小組召開考評會議，由受評計畫主持人進行簡報說明。績效考評小組依據各計畫績效自評表、考評簡報以及主持人答辯內容，完成績效考評意見表，並且於會議結束後進行閉門會議。
- (2)召開閉門會議：績效考評小組召開閉門會議，以合議方式決定考評會議之結果，並依此結論提供農業部及受評單位未來執行科專計畫績效改善之建議。績效考評小組將視需要挑選計畫進入複評會議，並得提供本年度績效考評制度改善建議。
- (3)召開複評會議：由績效考評小組召開複評會議，挑選計畫進行現場訪視、廠商問卷，並視需要要求受評計畫提出改善方案，完成複評作業。
4.總評階段(每年6月至7月)
- (1)完成績效考評總結報告。
- (2)持續追蹤各計畫成效與改善方案。
5.計畫之績效評估指標
- (1)知識/科技面：
評估計畫之短期激發效益，及其因計畫衍生之研發創新能量，包含專利及品種之產出及應用、已開發技術項數及預期實施效益、論文及報告件數及其影響力，以及人才培育之後續就業情形等。 - (2)產業/經濟面：
評估計畫之中期生產效益，尤其注重與產業界鍵結之強度，包含先期技轉成果、技術與專利及品種技轉績效及衍生利益金、產學研合作、是否促成投資與新事業體及衍生產品等。 - (3)政策/社會面：
評估計畫之長期潛在效益，衡量計畫之研發產出對社會及一般民生造成之影響，包含是否推廣並分享至業界及其他單位、提供相關技術與資訊服務、取得獎項或認證等。